蒙古学研究是内蒙院的传统特色学科，他们在大力发展蒙古语言文字、蒙古文学、蒙古历史研究等蒙古学传统学科的同时，不断开拓蒙古族哲学及社会思想史等新型学科领域，尤其是《内蒙古社会科学院党委关于加强蒙古学学科建设的意见》出台以来，硕果累累。
     一、蒙古语言文字研究
     在蒙古语音及其规范研究方面，出版了《关于标准音》《蒙古语标准音》等专著和《现代蒙古语察哈尔标准音音位结构》《中国境内蒙古语标准音音位系统》等论文，以描写和比较的方法对现代蒙古语语音进行探讨，为我国蒙古语基础方言、标准音问题的研究以及规定标准音方面做出了重要贡献。内蒙院提出的我国蒙古语标准音方案被内蒙古自治区政府采纳，于1980年正式发文推广。
     在蒙古语方言调查的基础上，该院将国内蒙古语方言进行了科学分类，其中最著名的是东部方言、中部方言、东北部方言、西部方言四分法和西部卫拉特方言、东部察哈尔方言二分法。出版了《蒙古语方言调查大纲》《规范蒙古语单词拼写形式的政策依据及理论依据》《鄂尔多斯土语研究》《蒙古语词的多义研究》《蒙古语助动词研究》等专著，在学术界有很好的反响。
     词典编纂是内蒙院的强项，他们先后编纂了《汉蒙词典》各版、《蒙古语派生词倒排词典》《类语词典》《现代蒙古语词频辞典》《蒙古语词典》等优质实用的辞书。
     在蒙古文字研究方面，《蒙古文字简史》是国内第一部用现代语言学、文字学理论阐述蒙古文字产生、发展、演变规律的著作。《蒙文原理》和《现代蒙古语研究概论》是对蒙古文正字规范问题和现代蒙古语规范化、标准化问题进行综合研究的专著，有重要的理论意义和较高的应用价值。《古蒙古语研究》是国内第一部系统研究古蒙古语的专著，对古蒙古语语音、构词法、词汇、句法、文字等，进行了较为深入的研究。
     在蒙古语言学的跨学科、交叉学科研究方面，成功研发了集蒙古语言学、计算机学、编码学等综合知识和技能为一体的跨学科高新技术———蒙古语信息处理技术，并使之走上产业化发展道路。该院承担并完成了国家社科基金项目《现代蒙古语计算语言学基础研究》，并研发出《现代蒙古语妙语资料库》、《话语原理词典》和《蒙文整词输入法》及与之对应的《蒙文词编码词典》等系列软件。承担完成的国家自然科学基金资助项目《蒙古文整词生成与智能化输入方法和技术研究》（其中包括论文、软件、数据库、系列产品等）、国家863高新技术引导项目《LINUX中国多民族语言信息处理技术及产业化》及内蒙古自治区高新技术专项基金资助项目《蒙古文整词智能化输入系统》（应用软件）成果，产生了良好的经济和社会效益。《蒙文整词人机键盘交互研究》是国内外关于蒙文整词人机键盘交互研究的重要专著。开发的《现代蒙古语词频统计（软件）》和《蒙文计算机校对系统（软件）》，也都产生了良好的社会效益。
     二、蒙古文学研究
     在蒙古族文学史编纂方面，由内蒙院编辑出版的《蒙古族文学简史》是国内第一部蒙古族文学通史体例的著作。《蒙古族文学史》（四卷本）在目前国内外出版的蒙古族文学通史体例著作中，最为详实、全面、深入、新颖。《蒙古族当代文学史》是国内第一部用蒙文撰写出版的蒙古族当代文学史著作。
     在史诗研究方面，《略论〈江格尓〉》等系列论文，首次提出《江格尓》产生于远古时代阿尓泰地区的重要观点；《试论〈格斯尓传〉》等系列论文，提出蒙古《格斯尓》和藏族《格萨尔》是同源分流的观点，引起学术界的重视和争论。《十三章〈江格尓〉的审美意识》是国内第一部从美学角度研究《江格尓》的专著。《尹湛纳希研究》、《论〈青史演义〉与十部书的关系》和《佛教与蒙古文学》是上世纪90年代以来研究尹湛纳希、宗教与蒙古文学关系的重要成果。还有《格斯尔全书》、《如意修饰》、《福资白莲嬉》等文学文献整理校注成果。
     在蒙古族当代文学研究和评论方面，《纳·赛音朝克图评传》是国内第一部蒙古族作家评传。专著《文化变迁与蒙古族小说艺术》、论文评论集《批评的视角》《20世纪蒙古族小说创作方法研究》《跨世纪蒙古文学现象批评》在学术界都有较好的反响。
     在文学理论研究方面，上世纪80年代发表的《民族审美心理与民族题材创作》等有关民族心理和民族审美心理的系列论文，在国内学术界产生一定影响。
     三、蒙古史研究
     蒙古史研究涉及面广，成果颇丰。由内蒙院历史所编写的《蒙古族简史》是一部具有开创意义的通史体例著作，在此基础上编写的三卷本《蒙古族通史》是蒙古史研究历史上具有里程碑意义的奠基之作。该书的出版是对国内外蒙古史研究的一次较大规模的总结，代表了当时我国蒙古史研究的总体水平。在断代史研究方面，《清代蒙古史》是国内第一部全面叙述清代蒙古族历史的著作。
     蒙古史专题研究方面的成就主要集中在专门史领域。主要有：《中国北方民族关系史》（内蒙院与中国社科院合作）《蒙古佛教史》《中国元代宗教史》《蒙古族经济发展史》《古代蒙古法制史》《土默特史》《辽代政权机构史稿》等。其中《蒙古族经济发展史》和《古代蒙古法制史》是国内第一部通史体例的蒙古族经济和法制领域的专门史。此外还有研究蒙古族史学史的专著《13 17世纪蒙古历史编纂学》。
     蒙古文献学研究是内蒙院的一个传统强项，在国内外有较大影响。主要成果有《〈蒙古秘史〉校勘本》、《新译简注〈蒙古源流〉》、《〈恒河之流〉校注》、《〈阿勒坦汗传〉译注》、《汉译〈黄金史纲〉》、《〈蒙古秘史〉还原及研究》、《元译〈诞化世传〉研究》、《古今蒙古源流》等。
     此外，内蒙古自治区民族文化大区建设项目“内蒙古民族民间文化遗产数据库”和“蒙语语料库”建设工程已取得重要的阶段性成果。蒙文“大藏经”影印出版工程，作为自治区成立60周年献礼项目取得阶段性成果，于2007年“大庆”前已出版11卷。
     四、蒙古族哲学及社会思想史等蒙古学其他领域的研究
     蒙古族哲学及社会思想史研究是蒙古学的一门新兴学科，上世纪80年代初肇始于该院哲学所。目前取得的主要成果有：《蒙古族哲学史》《蒙古族哲学思想史》是国内最早出版的、综合研究蒙古族哲学及社会思想史的通史体例的两部专著。
     在专题研究方面，《蒙古族美学史》是国内第一部系统研究蒙古族美学思想的通史体例专著，也是国内第一部少数民族美学史著作。《蒙古族经济思想史研究》《蒙古族宗教思想史》分别为国内第一部系统研究蒙古族经济思想史和宗教思想史的通史体例专著。此外还有《蒙古族无神论思想研究》《忽必烈汗思想研究》《蒙古族近现代思想史论》《蒙古族传统形象思维》《蒙古族传统理论思维》《哲学》（“蒙古文化研究丛书”之一）以及《蒙古族传统美德》等著作。
     此外，在蒙古族文化和民俗研究方面，内蒙院还出版了《蒙古族传统文化论》《游牧经济与蒙古文化》《蒙古民族的生态文化》《蒙古族丧葬文化》等著作。
     随着蒙古学研究的不断深入和蒙古学学科的不断成熟，内蒙院学者先后撰写出版了《国际蒙古学研究概述》《中国蒙古学研究概论》《中国新时期蒙古学研究回顾与反思》等专著，较系统概括总结了国际国内蒙古学研究情况，其中《中国新时期蒙古学研究回顾与反思》,以问题为经，以学者和成果为纬，在对新时期蒙古学研究进行系统总结的基础上，对学科进行整体反思，指出得失，提出了进一步深入推动蒙古学研究的对策建议。